Есть в районе особые природные зоны: три природных заповедника — Усинская болотная система, болото Небесанюр, Усинский ихтиологический заповедник, а также охраняемые памятники природы — скала Кольцо, скальные выходы Средние Ворота, река Шарью, Шарьюский памятник природы.

Долина реки Шаръю – геологический заказник. По берегам реки расположены живописные скалы. Путешествие по Шаръю знакомит с геологическим строением района, с уникальными северными ландшафтами Приполярья. Во время сплава по реке Шаръю значительный интерес вызывает посещение хутора Макариха, который знаменит прежде всего таинственными обрядами шаманов и сильной энергетикой. В долине реки Шаръю встречаются гнездовья водоплавающих – уток, гусей и лебедей, почти всех видов куликов, и пернатых хищников. Особенно интересно увидеть орлана-белохвоста, внесенного в Красную книгу Республики Коми.

Скала «Кольцо» – охраняемый геологический памятник природы, расположен на правом берегу реки Шаръю, в 50 км от устья и находится приблизительно в 54 км к востоку от Усинска. В одном из пластов доломита образовано отверстие («кольцо») размером 2,5х5 м.

Скала «Шпиль» – находится в 0,5 км ниже «Кольца».

«Шаръюский памятник природы» – охраняемый геологический памятник, расположен в 50 км от устья реки Шаръю. Непрерывные скальные выходы по обоим берегам реки на протяжении 1 км.

Скальные выходы «Средние Ворота реки Шаръю» – геологический памятник природы, расположен в 3,5 км выше «Кольца». Каньонообразный участок реки протяженностью 0,5 км. Высота скал до 70 м. Создан для сохранения лучшего разреза карбона гряды Чернышева. Охранный режим заказной.

«Верхние Ворота реки Шаръю» – находятся в 5 км выше Средних ворот.

Веякоты – озеро в Усинском районе в бассейне реки Рогозина, в 49 км восточнее устья реки Лыдую. Площадь бассейна – 46,1 км2, площадь озера – 6,3 км2. Озеро вытянуто с севера на юг, берега изрезаны заливами. Длина около 3 км, ширина – около 0,6 км. Сточное, через реку Веякотывис соединяется с рекой Рогозиной. Берега озера покрыты лесом. Имеет рыбохозяйственное значение.

Веякохасырей – озеро в Усинском районе в бассейне реки Рогозина, в 44 км кверху от устья реки Лыдую. Площадь бассейна – 9,8 км2, площадь озера – 2,9 км2. Имеет округлую форму, длинной около 1,2 км, шириной около 1 км. Через реку Рогозинвож соединяется с рекой Рогозиной. Берега плоские, заболоченные. Имеет рыбохозяйственное значение.

Ихтиологический заказник «Усинский» – расположен на участке реки Усы между мысом «Пиктор» и устьем реки Понъю. Включает русло реки Усы и лесоохранные зоны по обоим берегам. Площадь 7,8 тысячи гектаров. Ширина реки Усы в пределах заказника 400-600 м, средняя глубина – 2,5 м, максимальная – 7 м. Дно песчаное. Долина широкая. Высота коренных берегов до 30 м. Развита пойма. Создан заказник для охраны нерестилищ и условий воспроизводства сиговых. В заказнике запрещаются: любительский лов полностью, промысловый – в период нереста.

Усинский комплексный заказник – расположен в междуречье Печоры, Усы, Б.Сыни, Вяткина. Создан для сохранения уникального комплекса водно-болотных угодий международного значения. Усинское болото (Усванюр, Гнилое болото) – площадь 139190 гектаров. Болото верхового типа, залежи сложены сфагновыми торфами, мощность 4-5 м, расположено в междуречье рек Большая Вяткина и Уса, в 7,5 км на северо-восток от села Усть-Лыжа. Болото протянулось с севера на юг более чем на 40 км и является одним из самых крупных торфяников Европы. Возраст Усинского более 9 тысяч лет, оно второе по величине в Коми после Океана. Пейзаж местами совершенно неземной. Усинское болото содержит огромные запасы пресной воды. Здесь насчитывается около 860 озер, которые являются местами гнездования множества перелетных птиц, в том числе серого журавля, орлана-белохвоста и лебедя-кликуна, включенных в Красную книгу России.

Болотный заказник «Океан» – площадь 178975 гектаров, крупнейший в Европе. Это уникальное болото, захватывающее часть Ижемского и Усть-Цилемского районов, очень труднодоступно и до сих пор мало обследовано.

Болотный заказник «Мартюшевское» – отнесен к водно-болотным угодьям, имеющим международное значение. Площадь болота «Мартюшевское» – 9285 гектаров, мощность торфяных залежей – 7,8 м.

Болотный заказник «Небесанюр» – расположен на левобережье реки Колвы. Представляет переходную стадию от аапа к бугристым болотам. Растительность кустарниково-разнотраво-сфагновая. Средняя глубина - 2 м, максимальная - 4 м. Площадь - 1700 гектаров.